六步搞定SSR引物設計

PCR實驗中，引物設計佔有十分重要的地位。下面我們就來介紹一下SSR引物設計的方法：

步驟
1、將由misa得到的.misa檔案的內容複製至Excel表格，並其分為2、3、4、5、6鹼基重複和複合重複（多型性位點較多的一般是2、3鹼基重複）：

其中紅色部分為SSR位點位置2.將各鹼基重複的表格按照重複次數從高到低排序，理論上重複次數越多多型性越高。3.在Excel表格中去除SSR位點靠前或者靠後的序列，比如序列c12900SSR位點過於靠前，c58603SSR位點過於靠後均無法設計SSR引物.4.在原始資料中查詢初篩後的資料如c20128進行查詢相應序列，將序列輸入Primer6設計引物。

5.引物設計時因考慮到擴增片段的長度一般150-350bp，可以在SSR位點的前後200bp設計：
6.挑選分數大於80.0，擴增片段為150-350bp的高分引物，最好設計50對進行挑選，注意設計的引物不可與SSR位點區段重疊（此例子中SSR位點區段為552-581）。此例中挑選的為第五條。

要求：1 引物長度18-22 bp2 擴增產物100-250 bp3 GC含量35%-65%4 鹼基重複次數不多於4，尤其是G或C的單鹼基重複最好少於35 兩個引物Tm值差異控制在2℃範圍內